1961年，人类探测到月球上有外星人的痕迹。
所以当时的总统下令，不惜一切代价赶在苏联人之前登陆月球。
1969年，丑国总统下令在阿波罗登陆月球时秘密注意外星人行踪，他们发现了汽车人在赛博坦星最后一战时想脱离的汽车人飞船方舟以及沉睡的机器人御天敌。
回到现在，2011。
距离堕落金刚死亡，已经过去三年多了。
山姆都大学毕业了，他找了个新的的女朋友卡莉，两人住在华盛顿。
因为参与过两次拯救世界的战斗，山姆有点适应不了普通人的生活，但他还是找了份工作，试图让自己安定下来。
卡莉不了解萨姆的苦闷，她为一个艺术品和汽车收藏家迪兰·古尔德工作，销售汽车。
另一边。
霸天虎在威震天死后，还没有停止在地球为非作歹。
没有了首领，霸天虎暂时就由战略指挥官震荡波做领导。
他们忠诚的执行威震天留下来的计划。
根据一些人的情报，地球人在切尔诺贝利核电站的原址遭遇了狂派的震荡波和钻地魔。
人类死伤惨重，好在危险时刻，擎天柱赶到了。
见到擎天柱来了，震荡波连狠话都不敢放，就带着钻地魔灰溜溜的逃跑了。
擎天柱击退震荡波，却惊奇发现震荡波留下的方舟核心引擎部分。
擎天柱对人类向他隐瞒实情很生气，原来多年前美国宇航员登陆月球就发现了坠毁的变形金刚汽车人“方舟”，但他们一直向世人和汽车人隐瞒。
擎天柱要求去月球一趟，在月球上，擎天柱一行人发现了御天敌，他是汽车人的前任领袖，也是擎天柱的导师。
汽车人把御天敌和他身边的4个能量柱带回了地球。
把御天敌和4个柱状物带回地球后，擎天柱用领袖矩阵唤醒了御天敌，之后又放回自己体内。
御天敌醒来之后，就开始了解地球的事情。
知道威震天的下场之后，御天敌默默的记住了洛明这个特殊的人类。
之后，御天敌和残留的霸天虎震荡波联系上。
双方一拍即合，准备继续实行他们以前的计划。
御天敌早就背叛汽车人，和威震天合作了。
虽然威震天死了，但是御天敌没有放弃他的计划。
尤其是知道洛明这个强大的人类，已经失踪几年了。
御天敌就在某天趁着擎天柱不在，偷袭了铁皮和双胞胎兄弟，让三个汽车人领了盒饭。
之后，他就将存放在丑国某个基地之中的4个能量柱找到。
一看只有四个能量柱，御天敌傻眼了。
因为留在他身边的能量柱，一共有五个才对。
现在缺了一个，就没有办法启动太空桥了。
在找不到失踪的那一个能量柱之后，御天敌只能加班加点，再制造一个能量柱了。
造好能量柱之后，御天敌和震荡波等残余的霸天虎，大摇大摆地进入华盛顿特区国家广场。
御天敌在广场中间布置好五根传送柱进行太空桥联接，一时间隐藏在月球地下的霸天虎战士和飞船全部蜂拥而出，钻进太空桥，涌入了丑国城市街道。
整个华盛顿市陷入一片混乱战斗中，擎天柱赶到与御天敌打了一架，但是被御天敌打败了。
擎天柱大声质问御天敌为什么做。
御天敌回答说：“为了赛博坦！”
然而擎天柱表示留在地球生存不好吗？
这里作为他们的
听到这话，御天敌却认为擎天柱堕落了。
别以为他不知道汽车人在地球的处境。
御天敌没有兴趣给人类当奴仆，他觉得统治人类更好。
同时，看在往日的情分上，御天敌没有杀死擎天柱。
之后，御天敌对人类世界发声，要求人类驱逐所有汽车人，否则就会向人类开战。
已经和霸天虎打过两次战争而且都获胜的人类，为了避免与霸天虎发动战争，只好妥协了。
人类会妥协，是恐惧感作祟，他们不信任汽车人，不信任所有的变形金刚，所以先捡软柿子捏，就拿汽车人出气。
所以把怨气都撒到了汽车人头上，要将汽车人驱逐出地球。
临走前，擎天柱偷偷摸摸的去了一个不为人知的小岛上，见了一个人。
之后擎天柱召集伙伴，乘坐苍耳号离开地球。
霸天虎知道这个情况之后，发射数枚导弹将苍耳号击毁。
飞船爆炸，就意味着所有汽车人都已经阵亡。
霸天虎在地球上更加肆无忌惮了。
御天敌开始实施自己的计划，为了将芝加哥变成传输塞伯坦星球的