天正11年丰臣秀吉消灭柴田胜家的势力后，成为淡路国洲本城石大名，1585年四国征伐结束后，秀久增封至赞岐高松石大名。
1586年，秀吉准备征伐萨摩国大名岛津氏的势力，任命秀久担任九州征伐军，渡海作战的时候，仙石秀久为了抢功制定了有勇无谋的作战计划。
依据这个计划作战在户次川之战被岛津家久所率领的岛津军彻底击败，导致很多有名的武将战死，更突显出秀久自己抛弃诸将的军队一起逃回四国的丑态，震怒的丰臣秀吉没收了秀久所有的领地，放逐至高野山。
1590年，小田原征伐之时，以客将的形式参加了秀吉的军队，他穿着挂着铃铛光亮灿烂的铠甲，建立了出众的武功，他作战奋勇的地方便是箱根仙石原，根据秀久的功绩重新担任大名。
1594年在秀吉派兵出征朝鲜期间，秀久因建造伏见城有功，成为了石大名。
1600年随德川家康参加关原之战，跟随德川秀忠一起呗真田幸昌所固守的上田城所阻，参加关原之战迟到，秀吉努力地为秀忠迟到而向震怒的加康谢罪，因此秀忠担任将军之后，特别重用仙石秀久。
江户时代，他当了信浓小诸藩的初代藩主，由于压榨农民过度导致了佐久郡一郡农民逃亡的失态事件，但是在笠取垰、小诸城和城下町的治理则卓有成效。1614年（庆长19年）5月6日由江户返回小诸期间病发在武州鸿巢逝世。