《女帝》主要讲述的是乱世之中，一国公主平定叛乱，辅佐幼帝统一中原，开创盛世王朝的故事。
盛国末年，外族入侵，加上各地藩王内乱严重，政权割据，以长江为界，分别建立了西盛国和东盛国。
东盛国天锦五年，盛元帝病重，四王刘宁发生叛乱，联合禁卫军统领杀入都城自立为王。
琅琊王刘江在士族门阀的拥护下发动清君侧，活捉四王和叛党，当上新帝，开创盛武帝时代。
刘媛作为刘江唯一的掌上明珠，自小跟着父亲出入军中，在马背上长大，有一股子英气，长相也带着帝王相的霸气，不是那种小家碧玉的感觉。
她十岁那年，父亲上位为新帝，大力推广新政，百姓休养生息，过了十年安稳日子。
她母亲是婢女出身，从小她在家中并不受宠，为了帮助母亲博得宠爱，她从小不学琴棋书画，只喜欢舞刀弄枪。在皇城那几年，是她最开心的几年，母亲被追封为皇妃，她也册封为长乐公主，还被指婚四世家之首的谢家长子。
她开始笨拙的学习宫规礼仪，和四世家接触走动。
可惜谢琅年轻气盛，才华横溢，性格潇洒狂放，跟一个歌女情投意合，并不喜欢刘媛，便委派自己的侄子和刘媛虚与委蛇。
这个侄子就是谢恒，字弘微。谢弘微出身显贵，父母均是王谢氏族，在谢弘微幼时游山玩水时不慎坠崖身亡，一时间恩爱流传为佳话。
谢弘微气质绝佳，一身清贵，清峻通透，潇洒风流，师从当时德高望重的琴仙三山先生，在青年一辈中很有名望。因父母早亡，寄养在谢琅大哥的名下。他满腹才华，精通音律，性格八面玲珑，比刘媛小两岁。
谢琅大哥一脉男丁凋零，谢大哥寄情山水，喜食寒食散，无心政务，因此谢弘微只经商，未从政。
谢琅把刘媛托付给谢弘微照顾，谢弘微对这个未过门的小婶婶很是体贴。带着她游山玩水，品尝美食，两人一起赶赴灾区赈灾施药，一起为前线军队筹集粮草，渐渐培养出了感情。
本来谢弘微已经做好请家中长辈提亲的打算，奈何宫中发生变故。武帝在南下亲征途中被亲信算计，中箭身亡。刘媛在都城被乱军逼宫，慌乱带着弟弟出逃。后来和弟弟走散，刘媛被贴身婢女所救。
两人隐居在江宁伺机而动。
此时，西盛国令人闻风丧胆的大将军顾朝云也隐居在江宁收集情报。他开设了酒庄、茶楼和风云馆，耳目四通八达。
刘媛在此多次和他发生纠葛，还被他当作细作关进地牢审问。后靠着自己的智慧成功骗过顾朝云逃脱出来。
京城乱作一锅粥。三王刘玉趁乱要登基，被京城四世家阻拦。特别是谢弘微，以一己之力煽动民心反对。
三王只能暂代朝政，心里对谢弘微恨之入骨。
后来谢弘微被三王的人捉住，扔到江里抛尸，被刘媛所救。
两人隐姓埋名，在江边隐居，对外做的是草药生意，实际上却在集结刘媛父亲的旧部，调查父亲出事的真相，顺便寻找弟弟。
顾朝云监测到他们两人的动静，表面上和他们交好，实际上经常派暗卫刺杀。
后来刘媛认出顾朝云的身份，联合父亲旧部把他打回了江北的西盛国。
战败的顾朝云从此对刘媛念念不忘。
在江宁朝夕相处的日子里，谢弘微越来越深陷刘媛。只可惜刘媛一心扑在国家和弟弟刘子成身上，无暇顾及儿女私情。
两人找到刘子成后，被三王的人一路追杀，后来谢弘微主动引开三王的人，保刘媛姐弟两的安全。
待他们回到都城正式登基后，谢弘微还是下落不明。
刘媛加派人手去找，乔装一番去各种市井小巷乱葬岗河边寻找。后来在人贩子手中看到被重伤到失忆当做奴隶贩卖的谢弘微。
刘媛买下他，在皇城外租了宅子，聘请名医救治。
谢弘微伤好了，也恢复记忆，偏偏隐瞒刘媛，只为贪图她的照顾和温情。
后来被婢女发现，刘媛试探，谢弘微坦白心意，两人拥抱接吻。
不过两人始终没有互诉衷肠确定心意。
谢弘微伤好后，刘媛回宫支持刘子成的大业，谢弘微回谢家暗中周旋帮衬。
谢琅此时对歌女感到厌弃，对刘媛回心转意。
新帝刘子成也需要巩固自己的势力，便把姐姐刘媛的婚事提上日程。
谢弘微曾提出带刘媛远走，不理尘世，但是被刘媛拒绝了。国将不国，何来小家的安稳？
两人在斜尾山告别，有情人分道扬镳。
在此时，入境打探消息的顾朝云，趁机掳走了刘媛，把她连夜带回了江北大营。
刘媛被顾朝云关在营帐内，每日好吃好喝的伺候。
顾朝云还许诺她，只要肯嫁给他，他愿意归顺东盛国。
刘媛表